詐欺などに注意！
http://www.ppc.go.jp/files/pdf/151006_tyuuikanki2.pdf

こちらの3ページ目には事例が出ています。
http://www.ppc.go.jp/files/pdf/271102_tyuuikanki3.pdf

ミラサポのサイトでは
起業側として社員からのマイナンバー取得タイミングとして
【「平成28年分 給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」に記載してもらう】
と記載されています。
https://goo.gl/ST6JYi

なるほど、実際に用紙をみると「個人番号」欄が追加されていますね。

あとは
【利用目的の明示するためのA41枚】を用意して
【本人確認】を何かしらの形で行えば済みそうです。

システム化するか？しないか？は
既存の業務処理フロー＋マイナンバー管理フローを作り
煩雑さ×従業員数で判断するのをお勧めします。

今、属人的に処理されている企業さんはこのタイミングで、担当者の方に
「マイナンバーが始まるらしいから、ついでに、今の事務処理の手順書（フロー）つくってみて」と
お願いすることをおすすめします。