管理画面でスナップショットを削除しても、実際は
元のvhdと差分のavhdファイル（現在）が残って
そのまま動いています。

結構な容量を使ってると思いますので
vhdとavhdをマージしましょう。
方法は該当するゲストOSをシャットダウンすれば
裏でマージをしてくれるようです。

VMM上では何も動きがなさそうですが
Hyper-Vマネージャー上では
「結合処理を実行中（○○％）」と表示されています。
右クリックすると結合処理を停止、というのも選べますね。

結構なディスクアクセスになりますので
複数のゲストOSをマージする際は気をつけましょう。

可変vhdであればあわせてHyper-Vマネージャーの「ディスクの編集」＞「最適化」を行うと実ファイル容量が綺麗になります。